Molegro Virtual Docker 2013 v6.0.1.0 & Data Modeller 2013 v3.0.1.0
مطالعه و پیش‌بینی چگونگی تعامل لیگاندها با مولکولها
دسته بندی:
نرم افزارهای علمی و پژوهشی
Molegro Virtual Docker (به اختصار MVD) یک محیط یکپارچه قدرتمند برای مطالعه و پیش‌بینی چگونگی تعامل لیگاندها با مولکولها و شناسایی حالتهای مختلف لیگاندها با تکرار مطالعات و ارزیابی‌های مختلف و برآورد انرژی از تعاملات آنها با ابر مولکولها توسط شبیه‌سازی‌های دقیق کامپیوتری است.
شبیه‌سازی ساختار سه بعدی پروتئین
نرم افزار Molegro Virtual Docker از تکنولوژی‌های قدرتمندی برای شبیه‌سازی و ایجاد ساختار سه بعدی از پروتئین و لیگاند با ترکیب داده‌های مشتق شده از اشعه ایکس، آزمایش NMR و مدل‌سازی همسانی استفاده می‌کند و قادر است دقت پیش‌بینی‌ها را به میزان بالایی افزایش دهد. مزیت دیگر نرم افزار MVD کاربری بسیار ساده و عدم نیاز به دانش فنی بالا برای استفاده از توابع و امکانات موجود است. به این ترتیب متخصصان این امر می‌توانند بدون درگیر شدن با جنبه‌های غیر فنی کار، وقت بیشتری را بر روی پژوهش‌های خود صرف کنند.
ابزار Molegro Data Modeller
نرم افزار Molegro Virtual Docker دارای یک ابزار جانبی دیگر با نام Molegro Data Modeller (به اختصار MDM) است که محیطی برای کار با داده‌ها و علائم زیستی و و تجزیه و تحلیل آنها با ایجاد مدلهای رگرسیون و طبقه‌بندی مدلها با استفاده از توصیفهای عددی موجود در اختیار شما قرار می‌دهد.
ارائه خواص عددی رکورد با استفاده از مشتق پیش‌بینی رکوردهای وارد شده، طبقه‌بندی رکوردهای وارد شده با استفاده از مدل طبقه‌بندی شده مشتق، تحلیل خوشه‌ای داده‌ها با استفاده از آزمونهای مختلف شباهت، ویژوال‌سازی چند بعدی داده‌ها با استفاده از نفشه جرم-فنر و پشتیبانی از جستجوی مبتنی بر شبکه از دیگر قابلیتهای این نرم افزار است.
برخی از ویژگیهای نرم افزار Molegro Virtual Docker عبارتند از:
- مطالعه و پیش‌بینی چگونگی تعامل لیگاندها با مولکولها
- شناسایی حالتهای مختلف لیگاندها با تکرار مطالعات و ارزیابی‌های مختلف
- ایجاد ساختارهای مولکولی قابل تجزیه به اجزای مرتبط
- نمایش هشدارها و خطاهای تجزیه در ساختاری سلسله مراتبی
- شناسایی و تغییر سریع وضعیت پروتوناسیون‌ها نظیر باقی‌مانده‌های هیستیدین
- تشخیص خودکار حفره و پروتونه شدن پروتئین با استفاده از راهنماهای پروتوناسیون
- پیکربندی پیشرفته الگوریتم‌های جستجو و خوشه‌بندی داده‌ها
- بازرسی تعاملات مختلف انرژی و همچنین محاسبه مجدد رتبه‌بندی آنها
- بروزرسانی خودکار پیوندهای هیدروژنی و فعل و انفعالات الکترواستاتیکی هنگام جابجایی بین پوزها
- امکان تعریف محدودیت برای مبنای خواص شیمیایی یا تعیین خواص جداگانه برای هر لیگاند
- قابلیت ایجاد مدلهای رگرسیون و استخراج و ویژوال‌سازی معیارهای آماری
- ایجاد نمودارهای یک بعدی، دو بعدی و سه بعدی از داده‌های آماری
- امکان ایجاد و وارد کردن مدلهای رگرسیون از داده‌های عددی و از برنامه‌های دیگر
- دارای مولد بیومولکول برای فایلهای PDB حاوی اطلاعات تبدیل تقارن
- برخورداری از ابزار پیشرفته برچسب‌گذاری متن برای خواص مولکولی
- امکان توسعه توسط اسکریپت‌های داخلی یا زبانهای برنامه‌نویسی خارجی
- دارای سیستم ماکرو قابل توسعه و تنظیم به همراه ویرایشگر داخلی
- و …
تصویری از محیط نرم افزار
برچسب‌ها
تبلیغات
مراحل دانلود و نصب نرم افزارهای موجود در سافت سرا بسیار ساده
است.
برای دانلود نرم افزار یا ابزار مورد نظر کافیست بر
روی لینک (یا لینکهای) مربوط به آن کلیک کنید تا عملیات دانلود
فایل (ها) انجام شود.
در صورتی که در دانلود فایلها با
مشکلی مواجه شدید، بخش رفع
اشکال/گزارش خرابی لینک را مشاهده کنید.
نرم افزارهای موجود، بسته به حجمشان ممکن است در یک یا چند پارت ارائه شوند. در نرم افزارهایی که دارای چند پارت هستند باید تمام پارتهای موجود را دانلود کنید. البته ممکن است در برخی نرم افزارها احتیاج به دانلود تمام لینکها نباشد. مثلا اگر سیستم شما 64 بیتی است و نرم افزاری دارای دو ویرایش 32 و 64 بیت است، کافیست تنها پارتهای مربوط به ویرایش 64 بیتی را دانلود کنید. همچنین برخی نرم افزارها دارای اضافات و پلاگینهایی هستند که دانلود آنها نیز اختیاری است.
پس از دانلود یک نرم افزار، کافیست محتویات آن را توسط نرم
افزار WinRAR یا یک فشرده سازی دیگر که از فرمت RAR پشتیبانی می
کند، بر روی سیستم خود استخراج کنید. برای این منظور بر روی
اولین پارت کلیک راست و گزینه ی Extract Here را انتخاب کنید، در
این صورت تمام پارتهای موجود به صورت یکپارچه بر روی سیستم شما
استخراج می شوند.
در انتهای نام پارت اول نرم افزارهایی که
در چند پارت فشرده شده اند عبارت part1 یا part01 قرار دارد.
در صورتی که نرم افزاری تنها یک پارت دارد نیز به همین ترتیب بر
روی آن راست کلیک و گزینه ی Extract Here را انتخاب کنید.
فایلهای دانلود شده از سافت سرا دارای هیچ فایل اضافی یا
تبلیغاتی خاصی نیستند، از اینرو برای استخراج فایل دانلود شده،
با خیال آسوده بر روی فایل مورد نظر کلیک راست و گزینه ی Extract
Here را انتخاب کنید.
در این صورت نرم افزار و فایلهای
مربوط به آن (مانند سریال، راهنما و ...) در پوشه ای به صورت
مرتب استخراج خواهند شد.
فایلهای دانلود شده از سافت سرا برای استخراج نیازمند پسوورد می
باشند. پسوورد تمام فایلهای دانلود شده از سافت سرا softsara.ir
است.
بروز پیغام خطا پس از درج پسوورد (یا در طول استخراج
فایلها) دلایل مختلفی می تواند داشته باشد.
اگر پسوورد را
کپی (Copy & Paste) می کنید، به احتمال زیاد این مشکل وجود
خواهد داشت. زیرا معمولا هنگام کپی پسوورد از سایت یک کارکتر
فاصله در ابتدا یا انتهای آن ایجاد می شود. در صورتی که پسوورد
را تایپ می کنید، به کوچک بودن حروف و انگلیسی بودن صفحه کلید
توجه کنید.
برای اطلاعات بیشتر اینجا کلیک کنید.
